À la suite du décès de son père survenu le 5 février 2005 et d'un coup d'État constitutionnel soutenu par l'armée, il fut nommé président. Sous la pression de l'opposition, de l'Union africaine et de la communauté internationale, Faure Gnassingbé renonce d'abord à être président jusqu'au terme du mandat normal de son père et annonce des élections dans les 60 jours. Puis il renonce à la modification de la constitution votée en toute hâte au lendemain de la mort de son père pour évincer le président intérimaire. Enfin, le 25 février, il renonce à son mandat de président par intérim et se porte candidat aux élections présidentielles. La légalité constitutionnelle est presque rétablie. Le président de l'Assemblée nationale évincé, longtemps bloqué par l'armée togolaise à la frontière béninoise, n'ayant pas pu malgré tout récupérer son poste comme prévu par la constitution.
Il est par la suite déclaré élu lors d'une élection contestée le 24 avril avec 60,6des voix. L'opposition a vivement dénoncé la régularité de ces élections et des affrontements entre partisans de l'opposition et forces de l'ordre ont eu lieu dans la capitale politique du pays. Ils auraient entraîné 150 morts parmi les opposants, selon la ligue togolaise des droits de l'homme. La France, par la voix de son ministre des Affaires étrangères, s'est déclarée satisfaite de l'élection présidentielle. Le 3 mai, la Cour constitutionnelle confirme les résultats de l'élection.
